Messi sinh ngày 24 tháng 6 năm 1987 ở Rosario, Argentina với bố là ông Jorge Horacio Messi (sinh năm 1958), một công nhân nhà máy, mẹ là bà Celia Maria Cuccittini, một người lao công.[22][23][24] Gia đình bên nội của anh có nguồn gốc từ thành phố Ancona ở Ý rồi chuyển sang Argentina vào năm 1883.[25][26] Anh có một người em gái tên là Maria Sol và hai người anh trai tên Rodrigo và Matias.[27] Vào năm 5 tuổi, Messi bắt đầu chơi bóng cho Grandoli, một đội bóng địa phương được dẫn dắt bởi bố anh.[28] Vào năm 1995, Messi chuyển sang Newell 's Old Boys, đội bóng nằm ở thành phố quê anh Rosario.[28] Vào năm 11 tuổi, anh được chẩn đoán gặp vấn đề với hormone tăng trưởng.[29] Câu lạc bộ River Plate đã thể hiện sự quan tâm tới Messi, song lại không đủ tiền trả cho việc chữa bệnh của anh, việc này tiêu tốn khoảng 900$ một tháng.[24] Carles Rexach, giám đốc thể thao của F.C. Barcelona, đã quan tâm tới tài năng của anh bởi Messi có người quen ở Lleida, Catalonia, và Messi cùng cha anh đã sắp xếp được một buổi thử việc.[24] Barcelona đã ký một bản hợp đồng với anh sau khi chứng kiến anh thi đấu, đồng ý trả tiền chữa bệnh và đảm bảo công ăn việc làm của gia đình Messi nếu anh chuyển sang Tây Ban Nha, điều đặc biệt là bản hợp đồng sơ bộ giữa anh và câu lạc bộ đã được soạn thảo trên giấy ăn với chữ ký của 2 bên.[30] Ngày 14-12-2000, gia đình anh chuyển tới châu Âu và anh bắt đầu chơi cho đội bóng đá ở đội trẻ.[28][31]